מנוע חיפוש תוך אתרי הוא ממשק משתמש מנוע חיפוש אשר ממוקם בתוך אתרי ווב ובמקרים מסוימים (כגון אתר מנוע חיפוש גוגל סרצ' או פייסבוק) מהווה רכיב תוכנה מרכזי של האתר.
בעוד שמנוע החיפוש התוך-אתרי של גוגל סרצ' קשור באתרים, מנוע החיפוש התוך אתרי של פייסבוק קשור בדפים, קבוצות וכדומה שאינם אתרים.
לדעתי באתרים עם יותר מ-50 דפים, כבר מתחיל להיות קשה למצוא תוכן, במיוחד אם המבנה של האתר לא כולל המון קישורים פנימיים, מרכזיים (באזור התוכן המרכזי) והיקפיים (באזוריי התוכן ההיקפי) ובכל אתר מעל 50 דפים צריך להיות מנוע חיפוש תוך אתרי. זה גם עניין של נגישות.